种属不同
山茱萸是山茱萸科落叶灌木或小乔木，别名山萸肉、药枣、枣皮、蜀酸枣、肉枣、薯枣、鸡足、实枣、萸肉、药枣、天木籽、山芋肉、实枣儿。

吴茱萸为芸香科小乔木或灌木植物，别名吴萸、茶辣、漆辣子、臭辣子树、左力纯幽子、米辣子等。

形态不同
从形态上来看，山茱萸和吴茱萸最大的不同之处就是果实和花朵。

山茱萸的核果长椭圆形，长1.2-1.7厘米，直径5-7毫米，颜色是红色或紫红色。果实饱满，看起来就像一颗颗大红枣一样，鲜艳富有光泽，山茱萸的果期在9-10月。

吴茱萸的果实密集或疏离，颜色是暗紫红色，有大油点，每分果瓣有1种子，种子近圆球形，一端钝尖，腹面略平坦，褐黑色，有光泽。是怎样的果实就像一颗颗小瘤子，表面不光滑也不艳丽，看起来更加的密集。它的果期是在10月到11月。

山茱萸的花朵黄色，开起来金灿灿的，十分耀眼，而吴茱萸的花朵则是白色的，花开比较清淡。

药用价值不同
山茱萸性微温，味酸、涩，具有补益肝肾，涩精固脱的功效。用于眩晕耳鸣，腰膝酸痛，阳痿遗精，遗尿尿频，崩漏带下，大汗虚脱等症。

吴茱萸性热，味辛、苦，具有散寒止痛，降逆止呕，助阳止泻的功效。治疗寒疝腹痛，寒湿脚气，经行腹痛，脘腹胀痛，呕吐吞酸，虚寒久泻等症。